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NGS可視化和下游分析

注釋基因組和組件的美麗可視化,強大的變體調用和RNA-Seq表達分析。

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輕松的可視化和導航

只需點擊一下geneious,就可以獲得所需的可視化數據。 注釋基因組,循環基因組,映射讀取,重疊群都顯示在我們高度可定制的序列視圖中。 選擇要顯示的其他注釋的著色方案,圖形和軌跡,然后使用動態注釋搜索和位置跳轉來查找您要查找的內容。

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強大的SNP變異分析

通過多功能的Geneious算法或眾所周知的FreeBayes查找SNP /變體。 如果您有來自外部管道或供應商的變體調用,只需拖入VCF即可。 通過與已知變體進行編程比較來識別新的變體,或者使用我們的動態表格視圖進行排序和過濾,然后通過切換到同步序列視圖來查看基因組上下文。

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簡單的RNA-Seq表達分析

計算來自映射讀取的表達水平,然后進行樣品之間的配對比較以鑒定差異表達的基因。 如果沒有統計編程語言方面的專業知識,R使用行業標準DESeq2軟件包比較兩個條件之間的表達式,每個條件都有重復樣本。

切換到PCA Plot選項卡,使用主成分分析檢查數據的質量,然后切換到交互式火山圖以發現感興趣的基因。 在火山圖中選擇一個基因后,您可以在序列視圖中直接跳到該圖,其中所有基因都根據差異表達進行熱圖著色。

Geneious可視化與下游分析教程

 

中/英文教程

下載免費試用版和我們的其中一個教程,以交互方式掌握Geneious的功能。

教程 - 表達分析

學習從RNA-Seq數據計算標準化表達度量。 測量來自兩個不同樣品條件的數據集上的RPKM,FPKM和TPM,然后計算兩個樣品之間的差異表達。

教程 - 使用DESeq2進行表達式分析

了解如何在Geneious中使用DESeq2,以比較兩種樣品條件下的重復表達水平。

應用筆記

寨卡病毒基因的鑒定

探索Geneious中的一條管道,該管道允許從疑似感染患者身上進行的高通量宏基因組數據中準確識別和分析低濃度ZIKV。

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